Ползите за здравето от пробиотиците са свързани не само с използваните щамове, но и тясно свързани с дозировката. Научните изследвания показват, че пробиотиците могат да колонизират, размножават и упражняват регулаторни ефекти в червата само когато се консумират в достатъчни количества. Това им позволява да подобрят чревната микробиота, да насърчат храносмилането и усвояването на хранителни вещества или да подобрят имунитета. Ефективната доза обаче варира в зависимост от щама. Например, някои щамове могат да предизвикат положителни ефекти при дневен прием само на няколкостотин милиона живи клетки, докато други изискват по-големи количества, за да постигнат забележими ползи.
За същия щам, в рамките на определен диапазон, по-високата доза обикновено е по-вероятно да доведе до значителни ползи за здравето, отколкото по-ниската доза. Това обаче не означава, че „повече винаги е по-добре“. Превишаването на препоръчителната доза няма да засили непрекъснато ефекта и може дори да доведе до загуба на тегло или, в някои случаи, да увеличи риска от стомашно-чревен дискомфорт.
Освен това, тъй като различните щамове имат различни характеристики и механизми на действие, простото сравняване на броя на живите клетки в даден продукт не показва общата му ефикасност. По-научен начин за оценка на ефективността на пробиотиците е да се позовава на клинични доказателства в подкрепа на конкретния щам, а не само на количеството. Когато избират продукти, потребителите трябва да се съсредоточат върху щамове с данни от клинични изследвания и авторитетно сертифициране, като избират тези, които са подходящи за техните индивидуални нужди, вместо сляпо да преследват високи дози или голям брой живи бактерии.