Въпреки че пробиотиците се считат за полезни за здравето, за някои хора първоначалното поглъщане на тези микроорганизми може да причини редица неприятни симптоми. Когато за първи път приемат пробиотици, някои хора могат да изпитат симптоми като подуване на корема, диария, главоболие, треска, мускулни болки, мозъчна мъгла и вероятно тревожност. Смята се, че тези симптоми са отговор на промени, настъпващи в тялото, като изчезването на потенциални патогени или повторното активиране на чревните реакции, феномен, понякога наричан "реакция на Херксхаймер".
Реакцията на Herxheimer е първоначална реакция, която обикновено показва, че тялото се адаптира към нова микробна среда. Това може да се дължи на пробиотиците, които взаимодействат със съществуващата микробна общност, причинявайки смъртта на бактериите или освобождаването на метаболити, които предизвикват тези симптоми. Макар и неприятна, тази реакция обикновено е краткотрайна и отшумява бързо. Може да се разглежда като част от процеса на хомеостаза на тялото.
Това обикновено засяга само малък брой хора, като симптомите са леки и обикновено продължават само няколко дни до няколко седмици. Ако тези симптоми ви карат да се чувствате неудобно, можете да намалите дозата си или да спрете да я използвате за няколко дни, преди да опитате отново; ако тези симптоми продължават повече от няколко седмици, спрете да го използвате; ако имате задух, стягане в гърлото, копривна треска или други симптоми на алергична реакция, моля, незабавно спрете да го използвате. За да се намали възможността от странични ефекти, особено за тези с чувствителна храносмилателна система, е разумно да започнете с малко количество пробиотици и след това да увеличите дозата в продължение на няколко седмици.
Пробиотиците трябва да се използват с особено внимание при тези с тежък имунен дефицит, тъй като в редки случаи поглъщането на пробиотици може да доведе до инфекция. Това е така, защото имунната система не може ефективно да контролира разпространението на микроорганизми в тялото, което води до риск от инфекция.
Някои хора може да имат алергични реакции към определени видове пробиотици, особено дрожди, свързани със Saccharomyces boulardii. Други видове пробиотици, като лактобацили, обикновено не предизвикват алергични реакции.
Някои пробиотици могат да произвеждат хистамин в храносмилателния тракт. Прекомерното освобождаване на хистамин може да причини симптоми като сърбеж, повишено производство на сълзи, хрема, затруднено дишане, зачервяване и подуване, особено при тези с непоносимост към хистамин. Избягвайте тези пробиотични щамове, за да предотвратите дискомфорт.