След пребиотиците се ядат, те отиват директно в дебелото черво, където те са ферментирали от колиформни бактерии за енергийно усвояване, и произвеждат кратковерижни мастни киселини SCFA, главно оцетна киселина, пропионова киселина и маслена киселина, както и млечна киселина и газ. [6]
(1) Киселинно производство
Органичните киселини, генерирани от чревната флора, метаболизират храната, от една страна, могат да осигурят енергията, необходима на човешкото тяло, от друга страна, тя може да намали стойността на рН на чревния тракт и да образува среда, която не е благоприятна за оцеляването на патогенните бактерии, като по този начин ефективно инхибира чревната корупция и се подобрява. Степента на усвояване на минерални елементи, насърчаване на чревната перисталтика и улесняване на дефекацията. По принцип Lactobacillus произвежда само млечна киселина, докато Bifidobacterium произвежда главно оцетна киселина и малко количество млечна киселина. След като пребиотиците се метаболизират от чревната флора, ще се генерира и голямо количество органични киселини, което ще понижи чревното рН [7]. Сред тях галакто-олигозахаридът и лактулозата са имали най-голямото киселинно производство, а инулинът е имал най-малкото киселинно производство. Производството на различни органични киселини след пребиотици се метаболизират са: оцетна киселина LACT, GOS, SOS>FOS, IMO, XOS>Inulin; млечна киселина GOS, SOS>XOS, IMO, ЛАКТ>FOS, Инолин; пропионова киселина LACT, Инолин , XOS, FOS>SOS, COS>IMO. [6]
(2) Производство на газ
В допълнение към бифидобактериите и лактобацилите в човешкия чревно тракт, почти всички други флора могат да произвеждат газ, карайки човешкото тяло да изпита различни степени на метеоризъм и пърдене. След пребиотиците се метаболизират от чревната флора, може да се произвежда определено количество газове като CO2, H2, и CH4. Изчакайте. Поради разликата в гликозидната връзка и състава, различни пребиотици ще бъдат услоени от различни видове бактерии, произвеждащи газ, а произвежданият газ ще бъде различен. Rycroft et al. сравнява общото производство на газ на различни пребиотици чрез ин витро експерименти, и установи, че изомалтоолигозахариди и галактоолигозахариди са пребиотиците с най-малко общо производство на газ, докато инулинът е този с най-голямо общо производство на газ (виж изображението 3). В допълнение, Oku et al. [проведена клинична проверка на производството на водород на три пребиотици, олигофруктоза, олигофруктоза, и изомалтоолигозахарид. Без значение от хранителната доза от 10g/d или 20g/d, всички олигомерни Fructose произвеждаха най-голямото количество водороден газ, докато изомалтоолигозахаридите произвеждаха най-малко количество водороден газ.